Pour les batteries, comme Guillaume, je te conseille de les mettre en parallèle pour gagner en autonomie. Si tu sépares les 2 parties comme tu dis, tu vas faire que changer les batteries, un coup l'une, un coup l'autre. Je l'ai vécu sur ma pelle, au tout début, j'en avais 3

de tension différentes.
Les bec des variateurs sont généralement entre 5 et 5,4v. Tu as des batteries de 11,1v et il ne faut pas quelles descendent en dessous de 9v donc au lieu de passer par le bec du variateur, je te conseil de mettre un Ubec qui te fournira 6v en permanence. Je sais que la place est comptée mais il y en a des petits.
DIMENSION ENGINEERING en font un tres bien. J'en utilise 2 et d'autre matériels de chez eux
http://www.dimensionengineering.com/products/sportbec